Neo był bliski dotarcia do celu swojej podróży, do poznania prawdy o sobie i o Matrixie. Dowiedział się też, że nie jest jedynym Wybrańcem, którego przeznaczeniem była droga ku poznaniu prawdy. U progu swego celu Neo musiał się zatrzymać wbrew własnej woli. Po stoczonym pojedynku zapadł w śpiączkę i znalazł się pomiędzy Miastem Maszyn a Matrixem, na ziemi niczyjej, niczym na stacji przesiadkowej. Trinity (Carrie-Ann Moss) pozostaje wierna uczuciom do ukochanego i nieustannie czuwa przy Neo. Natomiast Morfeusz (Laurence Fishburne) próbuje pogodzić się z odkryciem, którego się nie spodziewał. Być może Wybraniec, któremu poświęcił wszystkie swoje siły i nadzieje jest tylko kolejnym systemem kontroli stworzonym przez twórców Matrixa. Atmosfera niepewności towarzyszy też ludziom broniącym Zionu i atakującej go armii maszyn, gdy te obie siły muszą stoczyć ze sobą ostateczną walkę. Ludzie nie mają środków pozwalających im na podjęcie równej walki, ale mają nadzieję na przetrwanie oraz walecznych i oddanych sprawie ochotników. Gdy wydaje się, że można opanować jeden nieprzyjazny wobec Zionu żywioł, pojawiają się nowe niebezpieczeństwa. W czasie, gdy Neo coraz bardziej opada z sił, jego alter ego, zbuntowany program, Agent Smith (Hugo Weaving), staje się coraz potężniejszy. Uwolnił się i zmutował, aby zagrażać nie tylko Neo, ale wszystkim systemom; Miastu Maszyn, ludzi i Matrixa. Wyrocznia (Mary Alice) po raz kolejny, tym razem ostatni nawiązuje kontakt z Neo, aby udzielić mu wskazówek. Neo wysłuchuje jej słów uważnie, chociaż wie, że to tylko kolejny program, i że słowa Wyroczni mogą być kolejnym trickiem wprowadzającym go w błąd. Wśród powszechnego fałszu i obłudy pozostaje jedna droga poznania, która prowadzi przez własne doświadczenie, bez względu na to, jak wielkie niesie ona ryzyko. Niobe (Jada Pinkett Smith) zachęca Neo i Trinity do podjęcia ryzykownej wyprawy, na którą nikt dotąd się nie odważył. Neo i Trinity wychodzą na powierzchnię i ruszają prosto do utożsamiającego zagładę Miasta Maszyn. Tam Neo staje twarzą w twarz z władzą absolutną, uosobieniem siły i zła. To spotkanie prowadzi do zawarcia układu, który stanowi jedyną alternatywę i nadzieję dla ginącej cywilizacji. Świat skończy się tej nocy i dopełni się przeznaczenie Wybrańca, którego los pozostaje na zawsze nierozerwalnie związanyz dopełniającym go w niezrozumiały, ale i ostateczny sposób Agentem Smithem.